Epurarea secundară elimină materia organică solubilă, nutrienții precum azotul și fosforul și majoritatea materiilor solide suspendate care scapă după epurarea primară. Cel mai adesea se utilizează procese biologice în care microbii metabolizează compușii organici și nutrienții pentru a crește și a se reproduce. Cele mai obișnuite două procese biologice de epurare secundară sunt legate de sistemele de creștere atașată și creștere suspendată. Un proces de creștere suspendat favorizează creșterea flocoanelor de microorganisme suspendate de la organismele individuale deja prezente în apele reziduale și în nămolul activat revenit. Flocoanele conțin organisme care pot elimina poluanții prin medii aerobe, anoxice și anaerobe. Odată ce poluanții sunt îndepărtați, flocoanele sunt trimise la un proces secundar de curățare, unde se separă de apă prin intermediul gravitației. O porțiune de nămol din partea inferioară a decantorului secundar este apoi direcționată înapoi în amonte pentru a se amesteca cu efluentul primar (nămolul activat revenit) pentru a crea un amestec lichid. Restul nămolului este eliminat din proces (nămolul activat prin deșeuri) pentru a crea ecologia ideală a microorganismelor. Sistemele de creștere atașată se bazează pe atașarea microorganismelor la un mediu și crearea unui biofilm. Deșeurile de canalizare depuse se amestecă sau se presar peste mediile acoperite cu biofilm, unde microorganismele îndepărtează poluanții. Ca și procesul de creștere suspendată, fragmentele de biofilm și flocoanele suspendate sunt trimise la un agent de curățare secundar pentru separare unde nămolul este reciclat și risipit iar apa curată este evacuată către procesul următor.
Pentru ca epurarea biologică să funcționeze eficient, organismele necesită substanțe nutritive într-un raport echilibrat, incluzând carbon, azot și fosfor (denumit C:N:P), precum și oligoelemente, inclusiv fier, cupru, zinc, sulf și alte componente care sunt prezente în mod obișnuit în apele reziduale. Raportul C:N:P acceptat în mod obișnuit este de 100:5:1, deși unele instalații se dezvoltă în afara acestui raport, în timp ce altele se confruntă cu formarea de polizaharide sau bacterii filamentoase care inhibă biologia și se depun în agentul de curățare secundar.
Procesele biologice multiple pot fi utilizate pentru a completa tratarea secundară, inclusiv bazinele de aerare a curgerilor în blocuri, rezervoarele de aerare mixte complete, șanțurile de oxidare, filtrele de percolare, reactoarele biologice cu strat mobil, nămolul activat cu film fix integrat.
Eliminarea biologică a substanțelor nutritive (BNR) modifică mediul microorganismelor pentru a îndepărta azotul și fosforul din apă. Un proces BNR constă în etape anaerobe (fără oxigen sau nitrat), anoxice (fără oxigen, nitratul este prezent) și aerobe (oxigen prezent), în timpul căruia apa este deplasată printr-o serie de încăperi pentru a îndeplini diferite funcții biologice.
Pot fi utilizate și procese chimice de epurare, cum ar fi îndepărtarea chimică a fosforului. Prin introducerea unui coagulant chimic în interiorul bazinului de aerare și a agenților de curățare, fosforul este îndepărtat prin floculare, legând-se în compuși insolubili care se depun și poate fi îndepărtat ca nămol.